W XVI w. teren obecnego Kościoła parafialnego należał do pietystów (pietyzm to odłam luteranizmu). Znajdował się tutaj ich cmentarz wraz z szopą cmentarną, która pełniła funkcję kaplicy i w niej to spotykali się początkowo sulechowscy wyznawcy pietyzmu. Po pewnym czasie została ona zburzona, a na jej miejsce wybudowano zbór. Jego poświecenie odbyło się 1710 roku, nadano mu wtedy tytuł tzw. Nowego Kościoła. Zbór ten został zburzony w roku 1897, gdyż istniało niebezpieczeństwo zawalenia, a na jego miejsce wybudowano murowany kościół protestancki. Stało się to w 1905 r.
Z kolei po II wojnie światowej świątynia przez ponad trzydzieści lat pełniła funkcję kościoła filialnego sulechowskiej fary. 28 lipca 1980r. dekretem ks. bp. Wilhelma Pluty powstała nowa parafia p.w. Św. Stanisława Kostki. W tym też dniu obowiązki jej administratora objął ks. proboszcz Edward Koper. Rozpoczął się okres prac remontowych w kościele oraz na terenie do niego należącym. Powstał nowy dom parafialny. Już dwa lata po powołaniu parafii odbywały się w niej Misje Święte, na pamiątkę których koło świątyni postawiono Krzyż Misyjny.
Parafia zatętniła życiem. W roku 1989 odbyła się peregrynacja Kopii Cudownego Obrazu Matki Bożej Rokitniańskiej po domach wiernych. Trzy lata po tym wydarzeniu, w nocy z 6 na 7 czerwca odbyło się Nawiedzenie Cudownego Obrazu Matki Bożej Częstochowskiej.
W 1993 r. pojawiły się w kościele trzy witraże przedstawiające: Matkę Bożą Rokitniańską, Baranka i Św. Stanisława Kostkę. 6 czerwca 1996 r. do parafii przybyła „Matka Boża w Fatimskim Znaku”. W 1999 r. miały miejsce trzy ważne wydarzenia: pierwsze to zakup nowych organów, drugie to Misje Święte, przygotowujące do Wielkiego Jubileuszu 2000-lecia Chrześcijaństwa, pamiątką po nich jest nowy Krzyż Misyjny, który stoi koło plebani, trzecie to powstanie Duszpasterstwa Akademickiego .
18 października 2000 roku ks. Edward Koper został Kanonikiem parafii. 
5 sierpnia 2007 roku dekretem biskupa diecezji Zielonogórsko-Gorzowskiej nowym proboszczem parafii p.w. Św. Stanisława Kostki zostaje ks. Henryk Wojnar, pełni tę funkcje do 31 lipca 2016 r. Następnym proboszczem parafii był ks. kan. Piotr Bortnik, który od 1 sierpnia 2017 r/ pełni funkcję proboszcza i kustosza w Rokitnie. Obecnie proboszczem parafii jest ks. kan. Józef Tomiak.